Védőoltásokról - a tények alapján

(Aki először jár ezen a blogon, az javaslom, hogy kezdjen itt: Tartalomjegyzék gyanánt.)

A védőoltások az orvostudomány legcsodálatosabb találmányainak egyikét jelentik.

Több száz millió ember életét mentették meg a történelemben (illetve, a világ szerencsétlenebb országaiban, mentik meg mind a mai napig). Azáltal, hogy segítik elkerülni a megbetegedéseket, csökkentik a gyermekek fájdalmait, szenvedését, segítik elkerülni a még súlyosabb (adott esetben maradandó megnyomorodáshoz vezető) szövődményeket, tehermentesítik a nemzetgazdaságot és az egészségügyi ellátórendszert. Ami miatt a csodálatos jelző nem túlzás, hogy mindezt milyen kis áron teszik: kockázataik (illetve költségük) sok nagyságrenddel az előbbi előnyök mögött marad.

Manapság azonban felbukkantak, Magyarországon is, csoportok, akik fejükbe vették, hogy megingatják a bizalmat a védőoltásokban. Amíg ezt tárgyszerű, szakmai vita keretében teszik, nincs is semmi gond. Néhányan azonban nem érvelnek, hanem manipulálnak, nem megalapozott kritikájuk van, hanem előre eldöntött prekoncepcióikat, összeesküvés-elméleteiket igyekeznek szakmai köntösbe bújtatni. Céljuk, hogy érzelmekre hatva verjenek át embereket, károkat okozva az egész magyar közegészségügynek, a magyar gyermekeknek.

Meggyőződésem szerint csak felvilágosítással, ismeretterjesztéssel lehet e manipulációk ellen hatékonyan fellépni. E blog ezt a célt kívánja szolgálni: bemutatja, hogy a védőoltás-ellenesek hazugságaival szemben mit mutatnak a tények a védőoltásokról. Szó lesz a hatásosságról, a biztonságról; a témákat folyamatosan bővítem.

A blog központi oldala, ahonnan indulni érdemes: Tartalomjegyzék gyanánt. Innen indulva minden tárgyalt kérdés megtalálható, strukturált rendben.

A blog anyaga "könyv" formában is elérhető: Ferenci Tamás: Védőoltásokról – a tények alapján, sőt, most már igazi könyvként is, ha valaki jobb szeretné papíralapon olvasni. Rövid összefoglalóként ezt a cikkemet ajánlom.

Elérhetőség

A szerző biostatisztikus, az ÓE Élettani Szabályozások Csoportjának adjunktusa, a BCE Statisztika Tanszékének félállású adjunktusa.

Email-es elérhetőség:

 

Friss topikok

Címkék

adatforrás (2) adatvizualizáció (2) all trials (1) alumínium (3) andrew wakefield (2) autizmus (7) bárányhimlő (6) BCG (3) bexsero (5) bíróság (1) biztonság (36) boldogkői zsolt (1) cfr (1) cikk (9) cocooning (1) Cristopher Exley (1) cukorbetegség (1) diabetes (1) diftéria (1) efpia (2) egészségi állapot (1) előadás (3) epidemiológia (4) epidemiology and infection (1) eradikáció (1) etika (1) fészekimmunizálás (1) formaldehid (1) forrás (1) függetlenség (1) gyermekrák (1) haemophilus influenzae b (1) hatásosság (31) háziorvos továbbképző szemle (1) hepatitis b (2) Hib (1) higany (3) hírvivő (1) horváth ildikó (1) immunológia (1) immunrendszer (1) indokoltság (2) infektológia (4) influenza (1) interjú (2) ipm magazin (2) ipv (1) járványos gyermekbénulás (2) jog (2) kanyaró (8) kiggs (1) kockázat-haszon mérlegelés (5) kockázatérzékelés (1) kockázatkommunikáció (1) költséghatékonyság (3) könyv (8) kötelezőség (2) kritikus gondolkodásmód (7) Kürti Katalin (1) kutatás (4) matematika (1) meningococcus (4) minőség (3) MMR (5) morbilli (8) műhelytitok (8) mumpsz (1) nátrium-klorid (1) nyájimmunitás (10) oltás (116) oltás-rezisztencia (1) opv (1) orvosi hetilap (1) orvosi kutatások kritikus értékelése (9) orvosi megismerés módszertana (1) orvosi szemétkosár (2) összetevő (5) övsömör (1) PCV (1) pertussis (9) pneumococcus (1) policy (1) polio (5) prevenar (1) rota (1) rózsahimlő (2) rsv (1) rubeola (3) statisztika (3) synflorix (1) szamárköhögés (9) szatymaz (1) szebik imre (1) szendi gábor (5) szükségesség (1) TBC (2) tetyana obukhanych (1) tiomerzál (3) torokgyík (1) transzparencia (3) ukrajna (1) vakcina (117) varicella (5) védőoltás (117) wakefield (3) wavelet (1) zoster (1) Címkefelhő

Néhány műhelytitok a blog és a "könyv" készítésének technikai részleteiből

2012.12.31. 13:54 Ferenci Tamás (vedooltas.blog.hu)

Ebben a bejegyzésben pár technikai, mondhatni "műszaki" részletet osztok meg, az érdeklő olvasók kedvéért. Aki csak a végeredményre kíváncsi, annak ez a bejegyzés érdektelen lesz, de talán van egy-két olvasó, akit érdekelnek a "műhelytitkot" is arról, hogy hogyan is készül ez a blog, illetve a pdf-es változata. Mivel ennek során használok egy-két megoldást, ami talán másnak is jól jöhet, így gondoltam írok erről is egy bejegyzést.

Elvileg ezek ismerete egyáltalán nem szükséges az olvasáshoz, de nem kívánok semmilyen információt monopolizálni, ezért most minden ilyen technikai részletet nyilvánosságra hozok. (Amint utaltam is rá, teszem ezt azzal a szándékkal is, hogy ha valaki ilyen vagy hasonló feladatot találkozik, akkor legyen egy kiindulópontja – ha csak egy ember munkáját is megkönnyítem ezzel, már megérte ahhoz képest, mintha megtartottam volna mindezt magamnak.)
Minden itt szereplő anyag – persze garancia nélkül – de ingyen és bérmentve felhasználható; egyedül annyit kérek, hogy aki hasznosítja, az hivatkozotton a forrásra.

Már most mondom, hogy az összes alábbi dologra egységesen vonatkozik, hogy minden hibajelentést, kritikát, továbbfejlesztési javaslatot és egyáltalán, visszajelzést a legnagyobb örömmel veszek!

 

Bibliográfiai adatbázis

A "könyv" második változata már BibTeX-es bibliográfiát használ (a korábbiban, igen csúnya módon, egyszerű lábjegyzetként szerepeltek az irodalmi hivatkozások), így végre megvalósult ennek is a korrekt kezelése. (Azaz a tartalom és a forma szétválasztása.) Az ehhez elkészített .bib adatbázist (mely a webes hivatkozások kivételével valamennyi könyv- és folyóirat-hivatkozásomat tartalmazza) most nyilvánosan közreadom – ha valaki ilyen tanulmányokra akar hivatkozni például egy publikációjában, akkor ez jól jöhet, meggyorsíthatja a munkát:

Ferenci Tamás: Védőoltásokról – a tények alapján BibTeX bibliográfia (FerenciTamasVedooltasokrolATenyekAlapjan.bib).

Hogyan készültek a grafikonok?

A felhasznált grafikonokat (melyeket két bejegyzés használ intenzíven: a betegségek visszaszorulásával, illetve az országok közti különbségekkel foglalkozók) magam gyártottam azon adatok alapján, melyeket az Epidemiológiai adatok kiskönyvtára bejegyzésben már be is mutattam. Itt is törekedtem a nyers adatok és a feldolgozás minél teljesebb szétválasztására: az adatokat egyszerű, formázatlan táblázat tartalmazza, a feldolgozást, vizualizációt pedig egy teljesen külön program végzi.

A programot R statisztikai programcsomag alatt írtam R Studio környezet használatával. Mindkettő ingyenes (ráadásul nyílt forráskódú), szabadon felhasználható. FRISSÍTÉS (2015. 11. 19.): az adatvizualizációra a szkript immár a lattice csomagot használja.

Az egész program jelenleg 234 kódsor hosszú, elvégzi a nyers adatok beolvasását .csv vagy .xls fájlokból, majd kirajzolja a megfelelő ábrákat. Tud idősoros grafikont, rajta a védőoltások bevezetésének időpontjával (ez utóbbi lehet egyetlen időpont, egy intervallum, valamint két időpont is), és tud különböző országokat keresztmetszetileg összehasonlító oszlopdiagramokat (standardizált morbiditást mutatva, az oszlopokon az abszolút esetszámokkal) és térképeket (standardizált morbiditást mutatva logaritmikus színezéssel) is. A jobb alsó sarokba tud rakni nevet és webhelyet (ha nem könyv-üzemmódban van). Az ábrákat automatikusan ki is exportálja svg-be, png-be és pdf-be (Cairo segítségével).

Igyekeztem tisztán kódolni (indentálás stb.), illetve törekedni a modularitásra, hogy minél inkább használható legyen a program más célokra is.

A fentiek miatt remélem elég egyértelmű lesz, hogy mi mit csinál; sajnos felkommentezni még csak félig-meddig volt időm (de igyekszem ezt is pótolni). Innen tölthető le:

Ferenci Tamás: Védőoltásokról – a tények alapján Grafikon-készítő program (FerenciTamasVedooltasokrolATenyekAlapjanGrafikonrajzolo.R).

Hogyan készült a "könyv"?

A "könyv" – mint azt az ilyennel foglakozók biztos ránézésre is kitalálták – LaTeX alatt készült. (Egy ekkora anyagnál nem is nagyon jön értelmesen más szóba.) A TeX-es forrást, egyelőre legalábbis, nem szeretném közreadni, de a legfontosabb technikai részleteket megírom, ha valaki kíváncsi volna arra, hogy mi hogyan jött létre a pdf-es változatban.

  • A felhasznált dokumentum-osztály a KOMA-Script scrbook-ja. (Ez nagyon sok szempontból jobb eredményt ad, mint az alapértelmezett book.) Az egyetlen eltérés, amit kézzel korrigáltam, hogy a fejezetek elején nem írja ki, hogy "X. fejezet", ezen a chapterprefix=true-val segíthetünk. További probléma, hogy alapból a részek és a fejezetek nevét nem tudja magyarul kiírni (még a magyar.ldf használata esetén sem), ezt kézzel kell beállítani a
    \renewcommand*{\partformat}{\thepart\autodot~\partname}
    \renewcommand*{\chapterformat}{\thechapter\autodot~\chapappifchapterprefix{\ }\enskip}
    \renewcommand*{\chaptermarkformat}{\thechapter\autodot~\chapappifchapterprefix{\ }\enskip}
    parancsokkal.
  • A bevitelhez magyar babel-t használtam, T1-es fontenc-cel, és latin2-es inputenc-cel.
  • A betűtípushoz az lmodern csomagot használtam.
  • A tipográfia javításához a microtype csomagot is betöltöttem.
  • A hivatkozások hyperref csomag felhasználásával készültek, plainpages=false,pdfpagelabels,unicode kapcsolókkal. A normális színezést az xcolor csomag használatával, és a
    \definecolor{dark-red}{rgb}{0.4,0.15,0.15}
    \definecolor{dark-blue}{rgb}{0.15,0.15,0.4}
    \definecolor{medium-blue}{rgb}{0,0,0.5}
    \hypersetup{
        colorlinks, linkcolor={dark-red},
        citecolor={dark-blue}, urlcolor={medium-blue}
    }
    parancsokkal értem el.
  • A táblázatok a booktabs csomaggal készültek (mely az alapértelmezettnél sokkal szebb, szinte nyomdai minőségű táblázatok szedését teszi lehetővé); kiegészítésként használtam a \renewcommand{\arraystretch}{1.2} parancsot a sorok közötti távolság megnövelésére.
  • A tárgymutató szokásosan a makeidx csomaggal készült.
  • A differenciálegyenletek operátorainak a szedése a commath csomaggal készült.
  • Az irodalmi hivatkozások természetesen BibTeX-esek. A feldolgozásuk BibLaTeX-hel történt, Biber backend használatával. A stílus verbose.

Hogyan készültek a blog LaTeX-es képletei?

Egy MathJax nevű, nyílt forráskódú, ingyenes JavaScript megjelenítő-motorral.

1 komment

Címkék: könyv műhelytitok

A bejegyzés trackback címe:

https://vedooltas.blog.hu/api/trackback/id/tr74989124

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

Ferenci Tamás (vedooltas.blog.hu) · http://vedooltas.blog.hu/ 2013.03.17. 21:01:13

Update: frissült a grafikonrajzoló R-szkript, most már mindent egységesen Cairo-val exportál (tehát a png formátumot is).
blank